當易碎生物或物料的交叉污染會危及產品降雨或人身安全時，還應采取安全可靠的技術措施防止交叉污染，如嚴格控制不同選定GMP車間凈化之間的靜壓差，合理劃分凈化空調系統，按要求合理設計回風系統等。GMP車間凈化的設計是各種專業設計技術的綜合，尤其是GMP車間凈化的工藝設計、潔凈建筑設計、空氣凈化設計以及各種有特殊要求的設計技術的綜合設計，緊密配合，相互滲透，合理安排。GMP車間凈化工程設計應符合工藝(或使用)流程。

潔凈室的氣流組織與普通空調房間不同。它需要先把干凈的空氣送到操作現場。它的作用是限制和減少工件的污染。因此，在設計清洗車間的氣流時應考慮這些原則:盡量減少渦流，避免將工作區外的污染引入工作區，盡量防止二次粉塵飛揚，以減少粉塵污染工件的機會。氣流應盡可能均勻，風速應符合工藝和衛生要求。當氣流流向回風口時，可以有效帶走空氣中的灰塵。清洗系統的末級過濾器通常使用高效過濾器或次高效過濾器。在這里，似乎每個潔凈度級別都有兩種類型的過濾器可供選擇，是高性能還是低性能。

一般情況下，內門通常只沿門縫設置一圈密封條，一條密封線就夠了。而材料人群的外門和潔凈車間的生產區直接通向外門。為了可靠地防止室外空氣對人的侵害，除了氣閘和雙扇門，而且建筑和風機的截面比一般內門大得多，通常用兩條密封條形成兩道密封線。為了使密封條滿足截面小、受力后壓縮量大的要求，并與受壓構件有足夠的接觸和良好的密封條件，通常制成不同種類的橡膠空心薄壁異型管；而且大部分都是成型品。有多種截面形式，嵌入位置和方式不同。