為了防止室外污染源進入潔凈區，使室內壓力高于潔凈區外的壓力，潔凈區內的壓力成為正壓潔凈區；相反，為了防止潔凈區內的污染源向實驗室外部擴散，使內部壓力低于外部壓力，這種實驗室就成為負壓潔凈區。所以潔凈室的正負壓力是相對的，主要取決于各個實驗室的相對壓力。PCR實驗室凈化有嚴格的壓力梯度，所以有嚴格的氣流方向。相鄰實驗區之間的壓力差為5Pa，實驗區與緩沖區之間的壓力差為5Pa。

但是為了安全起見，凈化空調的風量需要很小，風量估計很大，一般都會超過規范。當要求不是很嚴格時，可以估計溫度和冷負荷。現在有專門的凈化空調機組，可以直接使用。二級生物安全實驗室應實行二級隔離。一般實驗室設備包括:潔凈工作臺、生物安全柜、邊桌或不銹鋼操作臺、洗滌臺等。潔凈實驗室裝修的建筑布局與凈化空調系統密切相關。凈化空調系統既要服從整體建筑布局，又要符合凈化空調系統的原理，以充分發揮相關功能。潔凈空調的設計者不僅要了解建筑布局來考慮系統布局，還要對建筑布局提出要求，使其符合潔凈實驗室的原則。

潔凈實驗室裝修常用材料選擇要求:實驗室的天花板采用防塵、光滑、阻燃的彩鋼板，兩面用槽鋁密封，彩鋼板用中性中國白玻璃膠密封。實驗室凈化區域專用PVC地板膠鋪地，防火等級Bl，耐酸、耐堿、耐腐蝕、耐磨性能符合國家標準實驗室要求；實驗室墻壁采用防塵、光滑、防火的彩鋼板，鋼板夾層。地槽采用50X30槽鋁，地槽用鋼釘和木塊固定。與地面和墻面、墻面和墻面、墻面和頂棚的過渡采用半徑為50mm的鋁合金圓弧處理；彩鋼板與彩鋼板之間用中性中國白玻璃膠密封，防止裂縫滋生細菌。