潔凈實驗室設計時，預先考慮和計算好機械設備占用面積很重要，在設計階段，要秉持靈活性原則，為未來發展需要做好準備，這樣的實驗室設計方案更利于進一步的擴張和修改，以及添加新設備和工具。
1. 潔凈實驗室設計要求墻壁管道系統可容納較多的管道、電力設施。
2. 潔凈實驗室設計要求氣閘能幫助最小化和防止可能影響工作流程的壓力變化。因為潔凈室內可能存在大量灰塵、污垢顆粒、有害化學物質和其他污染物等。
3. 潔凈實驗室設計要求在可能的情況下更換絕緣材料并在必要時安裝電力技術。讓潔凈室管理人員進行靜態審核以識別潛在問題以及可能導致問題的原因非常重要。
4. 潔凈實驗室設計要求做好溫濕度控制，因為潔凈室實驗需要控制溫濕度以防止腐蝕、防止工作面冷凝，并減少放電。
5. 潔凈實驗室設計要求給潔凈室加壓，使潔凈室保持在大氣壓的靜壓下，并設置空氣壓力梯度，使空氣從清潔區域向非清潔區域流動。（注：正壓差在一種情況下有所例外：即蒸鍍機構在處理某些有害物質時要求房間處于負壓）。
6. 潔凈實驗室設計要求必須安裝HEPA過濾器，這對于控制污染至關重要。
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