應根據豬糞的濕度調節加水量，較干時，配制“混合稀釋液”時多加水，反之用水量減少；噴灑“混合稀釋液”時也應注意可分幾次噴灑，防止一次噴灑水分過多。 密封發酵。厭氧發酵時，如密封不嚴，易進入空氣引起高溫，影響有機肥質量。 發酵時間與溫度。一般發酵時間為春秋季20-25天，夏季15-20天，冬季30-40天。發酵的適宜環境溫度為25-35℃。 發酵完成標準。發酵好的堆肥氣味為有曲香味而不臭。

自然發酵法很簡單，將豬糞混合加入秸稈堆放在一起，澆上水。然后覆蓋上塑料薄膜進行自然發酵，這是利用高溫，將豬糞中的病菌殺滅。也可以在豬糞中加上多菌靈、福美雙等殺菌劑，殺滅病菌。在發酵時，將薄膜和豬糞間保留一點縫隙，使微生物能大量繁殖，促進發酵。 豬糞自然發酵成有機肥的時間較長，一般需要兩三個月的時間，等到沒有臭味，變成褐色肥料之后，才算發酵完成。如果使用沒有完全腐熟的豬糞，可能會出現燒根等肥害，增加病蟲害的發生。

豬糞和秸稈混合之后，將混合好的生物菌和玉米面撒到上面，然后澆水，豬糞較干時，可以增加水的用量，豬糞含水量大時，就可以少用水，最后堆悶漚制成有機肥，堆漚的面積和長度不受限制。經過發酵兩三天之后，再進行翻一遍。 豬糞發酵時，加上有機肥發酵劑，能節省發酵時間，大概7~10天的時間就能發酵好，適合大量的豬糞處理，發酵速度快，而且還能防止豬糞腐熟不徹底。