潔凈手術室的選址一方面關系到與相關科室的合作是否便利、方便，另一方面，由于手術室的設備層會發生設備噪音、進排風噪音、及設備運行轟動等，其選址還要考慮對周圍的環境影響，甚至要考慮其相關相鄰的科室發生的設備噪音、氣體排放等對周圍環境的影響。其他如水、電、氣、汽管路長短，手術室設備運輸及后期修理（更新）等。這些因素都需要在前期選址規劃時充分考慮。 潔凈手術室一般設在病房樓，門診手術室設在門診樓，急診手術室設在急診科。潔凈手術室選址或在病房樓5層以下，或處在病房樓中間層，或設在病房樓頂層。不同的選址各有利弊。

流程布局： 1、PCR規劃為三區實驗室，內設專用走廊及緩沖間，進出口為兩門規劃，避免了穿插污染。2、方艙左邊為排風機組、污水處理設備、空調外機機房，右側為新風機組機房，兩區域的設置有利的保證了實驗室的正常運行。3、緊鄰擴增分析區設有滅菌間，確保污物在本實驗區會集處理后再進入統一醫療廢棄物處理站。 檢測容量： 1、PCR試劑預備間8.85立方，標本制備28.6立方，擴增分析17.6立方。 2、標本制備區可一起放置6臺核酸提取儀，擴增分析區可一起放置12臺PCR分析儀，日檢丈量可達1萬管，若1:10混檢日檢丈量可達10萬管。 3、標本制備區可設3人位生物安全柜或2臺雙人位生物安全柜。

關于凈化空調的保護與保養 另外，凈化空調體系的日常保護和保養也是十分要害的，這將直接影響到空調的正常運用，也就直接關系到潔凈區的凈化級別與溫度、濕度是否合格。在手術間內空調溫度與濕度不能控制在適合范圍內時，應及時告訴維保人員，對空調體系進行檢查，找出問題及時處理，以保證手術室凈化的正常運轉。