“%chk=”命令用于指定計算輸出的，chk文件的命名（H2O，chk）以及保存路徑（，/在Linux系統中代表當前文件夾，當然也可以寫上完整路徑），該路徑需實際存在，否則在后續計算過程中會報錯，事實上這一部分內容可以根據實際需要寫的更為詳細，例如：，接下來在Xshell端輸入“cd/home/gauss/user/simulation/H2O_opt”并回車，進入該文件夾，隨后輸入“g09

若該值設定不合理，則計算出來的結構并非基態，這一部分內容會在后文中詳細介紹，此處僅給出一個簡單的判斷標準，對于大多數不包含過渡金屬的基態分子，例如水、苯、SO42-、常規有機體系等均為閉殼層體系，其自旋多重度為1，模型，該體系中包含的1個O原子和2個H原子，以及這三個原子各自的笛卡爾坐標，對比修改前后的輸入文件，可以看到我們刪除了第2行中“geom=connectivity”字樣和11-13行的內容。

輸入文件：文件后綴名通常為，gjf，包含模擬任務的計算資源分配（核數、內存使用情況）、計算方法和精度、任務要求及計算模型等信息，輸出文件：文件后綴名通常為，out或，log，除輸出作為計算結果的結構模型、軌道、密度矩陣、電荷布局等信息外，還包括了部分計算過程中輸出信息，對于大多數含有過渡金屬的結構、自由基結構、激發態，如二茂鐵、基態氧分子、羥基自由基等，均為開殼層體系，自旋多重度大于1，需做進一步判斷。